崇祯觉得洪承畴是个难得的人才，就把他调往辽东，任命他为蓟辽总督，让他负责抵御清军。崇祯十二年（公元1639年），洪承畴到了辽东后，没有急着跟清军打仗，而是采取了“步步为营，稳扎稳打”的策略——他加固城池，训练士兵，囤积粮草，还跟朝鲜、蒙古部落搞好关系，想形成“联合抗清”的局面。一开始，这个策略还挺管用，清军几次进攻都被洪承畴打退了，辽东的局势暂时稳定了下来。
可崇祯没耐心等了。崇祯十四年（公元1641年），清军围攻辽东的重镇锦州，锦州守将祖大寿向洪承畴求救。崇祯得知后，急得不行，一再下旨让洪承畴率军救援锦州，还派了太监去辽东督战，说“要是锦州丢了，辽东就彻底完了，你洪承畴也别回来了”。
洪承畴本来想等粮草准备充足了再出兵，可架不住崇祯的催促，只能率军十三万，从宁远出发，去救援锦州。皇太极得知洪承畴出兵，亲自率领清军主力，赶到锦州附近的松山，设下埋伏。洪承畴率军到了松山后，想跟清军决战，可清军却不跟他打，而是切断了明军的粮道。明军没了粮食，士兵们开始恐慌，有的士兵甚至偷偷逃跑。
皇太极趁机率军进攻，明军一下子就乱了阵脚，纷纷溃败。洪承畴想率军突围，可几次都没成功，最后被清军围困在松山城里。松山城里的粮食很快就吃完了，士兵们开始吃战马，战马吃完了就吃树皮，有的士兵甚至饿死在了城墙上。崇祯十五年（公元1642年）二月，松山守将夏承德叛变，打开城门，清军趁机攻入松山，洪承畴被俘。
后来，皇太极亲自去看望洪承畴。当时天气很冷，皇太极看到洪承畴穿着单薄的衣服，就把自己身上的貂皮大衣脱下来，披在洪承畴身上，说：“先生冷吗？”洪承畴愣了一下，看着皇太极，心里五味杂陈——他没想到，一个“敌国”的君主，竟然对自己这么好，而自己效忠的大明，却只知道催促他打仗，不管他的死活。
经过一番挣扎，洪承畴最终还是投降了清朝。他投降的消息传到北京后，崇祯还以为他殉国了，伤心了好几天，甚至还下旨追封洪承畴为“少保”，给他建祠堂，表彰他的“忠烈”。直到后来，崇祯才知道洪承畴投降了清朝，气得差点吐血——他没想到，自己寄予厚望的“救火队长”，竟然背叛了大明。
洪承畴的投降，对大明来说是个沉重的打击。辽东的明军失去了主帅，军心涣散，很快就崩溃了，锦州、宁远等重镇先后被清军占领，大明的东北防线彻底垮了。崇祯得知消息后，坐在龙椅上，半天没说话——他知道，大明最后的希望，也没了。
崇祯十六年（公元1643年），李自成在河南汝州大败明军，杀死了明军主帅孙传庭，然后率军攻占了西安。崇祯十七年（公元1644年）正月，李自成在西安称帝，建立了“大顺”政权，然后率领五十万大军，从西安出发，向北京进军。
李自成的军队一路势如破竹——明军要么望风而降，要么不战而逃。正月，李自成攻占山西太原；二月，攻占山西大同；三月，攻占河北宣府，距离北京只有一百多里了。北京城里一片恐慌，大臣们纷纷收拾行李，准备逃跑，有的甚至偷偷跟李自成联系，想给自己留条后路。
崇祯急得像热锅上的蚂蚁，他召集大臣们商量对策，可大臣们要么说“陛下应该迁都南京，暂时避避风头”，要么说“陛下应该下令让各地藩王率军来北京勤王”，要么就干脆不说话。崇祯不想迁都——他觉得迁都就是逃跑，会被后人骂成“亡国之君”；他也不想让藩王勤王——他怕藩王率军来北京后，会像“靖难之役”时的朱棣一样，夺取他的皇位。
没办法，崇祯只能下令让京营的军队守卫北京。可京营的军队早就烂透了——士兵大多是市井无赖和流民充数的，没经过什么训练，有的甚至连武器都不会用；将领们要么贪生怕死，要么克扣军饷，士兵们连饭都吃不饱，根本没心思打仗。有一次，崇祯去京营视察，看到士兵们一个个面黄肌瘦，有的甚至穿着破烂的衣服，冻得瑟瑟发抖，他忍不住叹了口气，说：“朕对不起你们啊！”
为了筹集军饷，崇祯再次下令让大臣们捐钱。他让太监去跟大臣们说：“现在国家到了生死存亡的关头，希望各位大臣能慷慨解囊，帮助朝廷渡过难关，等将来平定了叛乱，朝廷一定会加倍偿还。”可大臣们还是哭穷——内阁首辅魏藻德说“我家只有五百两银子，全部捐出来”；太监总管王之心说“我家也只有一万两银子，是我一辈子的积蓄”。其实，这些大臣家里都很有钱，魏藻德家里至少有几十万两银子，王之心家里也有十几万两银子，可他们就是不愿意捐。
崇祯的岳父周奎，家里有几百万两银子，崇祯让他捐十万两银子，可他却哭着说“我家里真的没钱，最多只能捐一万两”。崇祯没办法，只能让周奎的女儿（崇祯的皇后）去劝他，周奎才勉强捐了两万两银子。大臣们见皇帝的岳父都只捐这么点，就更不愿意捐了，最后总共才捐了二十多万两银子，连京营军队一个月的军饷都不够。
崇祯十七年（公元1644年）三月十七日，李自成的军队到达北京城下，开始