导致老百姓流离失所，流民造反不断。
万历中后期，朝堂上除了“立储之争”，还有一场更可怕的斗争——东林党与齐楚浙党的“党争”。这场斗争，从万历二十二年（公元1594 年）开始，一直持续到明朝灭亡，把整个朝堂搞得乌烟瘴气，让大明彻底失去了“自救”的机会。
东林党起源于无锡的东林书院。万历二十二年（公元1594 年），顾宪成因为得罪了万历，被罢官回乡。他回到无锡后，在东林书院讲学，跟高攀龙、钱一本等志同道合的人一起，议论朝政，批评时弊，主张“整顿吏治，减轻赋税，重视人才”。很多对现状不满的大臣和文人，都纷纷投靠东林党，东林党慢慢成了朝堂上的一股重要势力。
齐楚浙党则是由一些地方官员和投机取巧的大臣组成的。他们因为地域关系，分成了齐党（山东籍官员）、楚党（湖广籍官员）、浙党（浙江籍官员），后来为了对抗东林党，就联合在了一起，被称为“齐楚浙党”。齐楚浙党的主张跟东林党完全相反——他们支持万历的“怠政”，赞成派太监去地方上“矿税监”，还为郑贵妃和福王说话，只要能保住自己的权力和财富，什么都愿意做。
东林党和齐楚浙党的斗争，一开始还只是“政见不同”，后来慢慢变成了“人身攻击”和“权力争夺”。两派互相弹劾，互相拆台，只要是对方支持的，自己就反对；只要是对方反对的，自己就支持，根本不管事情本身是对是错。
比如在“矿税监”的问题上，东林党认为“矿税监是害民之贼，应该废除”，齐楚浙党却认为“矿税监能为朝廷增加收入，应该保留”。双方在朝堂上吵得不可开交，东林党大臣跪在午门外哭谏，齐楚浙党大臣则在万历面前说东林党的坏话，万历本来就讨厌东林党，就把几个带头哭谏的东林党大臣贬到了外地。
在官员选拔的问题上，两派也斗得你死我活。东林党想提拔那些正直、有能力的官员，齐楚浙党却想提拔自己的亲信和关系户。有一次，朝廷要选拔一个吏部尚书，东林党推荐了正直的邹元标，齐楚浙党却推荐了贪婪的李三才。双方在朝堂上吵了好几天，最后万历还是听了齐楚浙党的话，任命李三才为吏部尚书，邹元标则被调到南京当闲官。
更可怕的是，两派还把“党争”带到了军事和民生上。有一次，陕西闹旱灾，东林党大臣建议“减免赋税，开仓放粮”，齐楚浙党大臣却认为“要是减免赋税，朝廷就没钱了，应该继续征税”。双方吵来吵去，最后什么都没做成，陕西的流民越来越多，最后爆发了大规模的农民起义。
在东北边防的问题上，两派也互相拆台。东林党支持熊廷弼经略辽东，认为熊廷弼有能力守住辽东，齐楚浙党却反对熊廷弼，说熊廷弼“胆小怕事，不敢打仗”。齐楚浙党大臣还在万历面前说熊廷弼的坏话，万历就把熊廷弼罢官，任命袁应泰为经略辽东。袁应泰根本不懂军事，很快就把辽东的大片土地丢给了女真部落，大明的东北边防彻底崩溃。
而万历，作为大明的皇帝，不仅没有制止“党争”，反而还利用“党争”来平衡朝堂的权力——他觉得两派互相争斗，自己就能坐收渔翁之利，牢牢掌握权力。可他没想到，这种“平衡”，最终会把大明拖进深渊。当农民起义的烽火燃遍全国，当女真部落的铁骑踏破山海关的时候，万历才明白，自己当初的“小聪明”，其实是毁掉大明的“大愚蠢”。
万历三十年（公元1602 年）以后，万历彻底进入了“躺平”模式——不仅不上朝，不批奏折，甚至连大臣的任免、国家的重大决策都不管了，大明彻底陷入了“失控”状态。
那时候的万历，每天都躲在后宫里，要么喝酒、看戏，要么跟郑贵妃一起玩乐，要么就是睡大觉，对朝堂上的事不闻不问。大臣们的奏折，堆在皇宫里，有的甚至发霉了，万历都懒得看一眼。有个大臣递了一份奏折，请求万历任命一个户部尚书——因为户部尚书已经空缺了三个月，国库的钱没人管，很多地方的军饷都发不出去了。可万历把奏折留着不批，最后还是内阁大臣们商量着，让户部侍郎暂时兼任户部尚书，才勉强解决了问题。
官员的任免更是混乱。很多官员因为年老、生病或者去世，职位出现了空缺，可万历就是不任命新的官员，导致很多部门都没人管事。比如刑部，本来有尚书、侍郎等十几个官员，到了万历晚年，只剩下三个官员，很多案件都积压着，没人审理，老百姓有冤无处诉。有个地方官递了一份奏折，说“本地有个恶霸，杀了人，抢了东西，可刑部没人审理，恶霸还在逍遥法外，老百姓都吓得不敢出门”。可万历根本不管，还是照样“躺平”。
边防更是糟糕。东北的女真部落，在努尔哈赤的带领下，越来越强大，他们攻占了大明的很多城池，杀了不少明朝的士兵。大臣们纷纷递奏折，请求万历派兵支援东北，增加东北的军饷。可万历把奏折扔在一边，说“东北离北京那么远，女真部落也没那么厉害，不用管他们”。结果，努尔哈赤的势力越来越大，万历四十四年（公元1616 年），努尔哈赤在赫图阿拉建立了后金政权，正式跟大明对抗。万历四十六年（公元1