照明朝的“祖制”，应该“立嫡立长”——要是皇后没儿子，就立长子为太子。朱常洛是长子，不管从哪方面来说，都应该被立为太子。所以，大臣们纷纷递奏折，请求万历立朱常洛为太子，还把这件事称为“国本”，说“国本不定，天下不安”。
万历一开始还想敷衍，说“朱常洛年纪还小，等他再大一点再说”。可朱常洛一天天长大，万历还是不提立储的事，大臣们也越来越着急，递的奏折越来越多，甚至有人开始“死谏”——用辞官、哭谏的方式，逼迫万历立储。
有个叫顾宪成的吏部郎中，递了一份奏折，说“陛下要是再不立太子，就是违背祖制，对不起天下百姓，也对不起列祖列宗”。万历看了奏折，气得把顾宪成贬到外地，还说“以后谁再敢提立储的事，就跟顾宪成一样”。可顾宪成虽然被贬了，却成了大臣们的“榜样”，越来越多的大臣站出来，跟万历对着干。
李太后也看不下去了。有一次，李太后把万历叫到宫里，问他“为什么不立朱常洛为太子”。万历说“朱常洛是宫女所生，出身低微”。李太后听了，气得拍桌子：“你忘了你也是宫女所生吗？”万历这才想起，李太后以前也是宫女，后来才被隆庆帝封为贵妃。他吓得赶紧跪下认错，可还是没下定决心立朱常洛为太子。
这场“立储之争”，把朝堂分成了两派：一派是“拥长派”，坚持立朱常洛为太子，主要是东林党人和一些正直的大臣；另一派是“拥福派”（朱常洵被封为福王），支持立朱常洵为太子，主要是郑贵妃的亲信和一些投机取巧的大臣。两派互相攻击，互相弹劾，朝堂上天天吵得跟菜市场似的，根本没人心思处理正事。
万历见大臣们这么难缠，干脆采取“拖”的办法——既不立朱常洛为太子，也不立朱常洵为太子，就这么耗着。可越拖，朝堂越乱，老百姓也越来越失望。有首民谣是这么唱的：“帝宠郑妃，疏薄东宫。储位久悬，国本动摇。”意思就是万历宠爱郑贵妃，冷落朱常洛，太子之位迟迟不定，大明的根基都动摇了。
直到万历二十九年（公元1601 年），万历实在拖不下去了——一方面，大臣们的压力越来越大，甚至有人以“辞官”相逼；另一方面，李太后也天天催他，说“再不定储，大明就要出乱子了”。万历没办法，只好下旨，立朱常洛为太子，封朱常洵为福王，让他去洛阳就藩。
这场持续十五年的“立储之争”，虽然以“拥长派”的胜利告终，可对大明的伤害却很大。它不仅消耗了朝堂的精力，让很多正事没人管，还让万历对大臣们更加不满，变得更加“怠政”；更重要的是，它让朱常洛长期处于“担惊受怕”的状态，性格变得懦弱、多疑，为后来的“梃击案”“红丸案”埋下了伏笔。
万历虽然立了朱常洛为太子，可对朱常洵的宠爱一点都没减。朱常洵要去洛阳就藩的时候，万历给了他一份“天价”的嫁妆，几乎掏空了大明的国库。
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按照明朝的规矩，藩王就藩，朝廷会给一定的土地和钱财，可万历却打破了这个规矩。他给朱常洵的土地，高达两万顷——要知道，明朝最富有的江南地区，所有的官田加起来也不过几万顷，万历一下子就给了朱常洵两万顷，而且这些土地大多是从老百姓手里抢来的。地方官为了凑够两万顷土地，逼着老百姓把自己的良田交出来，很多老百姓因为失去了土地，只能当流民，四处乞讨。
除了土地，万历还给了朱常洵大量的钱财。他从国库调了三十万两银子，作为朱常洵的“路费”；还把河南、山东、湖广等地的盐税、茶税，都交给朱常洵掌管，让他每年能有几十万两银子的收入。有大臣劝万历：“陛下给福王这么多土地和钱财，会让老百姓受苦，也会掏空国库，要是以后遇到天灾人祸，或者边境有战事，朝廷就没钱可用了。”可万历根本不听，说“我就这么一个宝贝儿子，给他多点东西怎么了？”
朱常洵就藩的时候，万历还特意安排了一场“奢华之旅”。他让工部打造了一艘豪华的大船，船上装满了金银珠宝、古玩字画，还有几百个宫女、太监，专门伺候朱常洵。从北京到洛阳，一路上，朱常洵的船队浩浩荡荡，每到一个地方，地方官都要提前准备好山珍海味，招待朱常洵和他的手下，要是招待不好，就会被治罪。
有个山东的知府，因为没拿出足够的钱招待朱常洵，被朱常洵的手下打了一顿，还被万历贬为庶民。这件事传开后，地方官们都吓得不轻，纷纷搜刮老百姓的钱财，来讨好朱常洵，老百姓的负担变得更重了。
朱常洵到了洛阳后，更是挥霍无度。他在洛阳建了一座豪华的王府，花费了几十万两银子，王府的规模比皇宫还大；他每天都要吃山珍海味，一顿饭就要花几千两银子；他还喜欢养宠物，光是养狗就养了几百只，每只狗都有专门的太监伺候，吃的是肉，穿的是丝绸。
而此时的大明，已经到了“民不聊生”的地步。万历三十年（公元1602 年），陕西闹旱灾，老百姓没饭吃，只能吃树皮、草根，甚至出现了“人吃人”的惨状；万历三十一年（公元16