时只是个从六品的小官，无权无势，却敢做别人不敢做的事——他写了一份《治安疏》，也就是后人常说的《直言天下第一事疏》，直接骂嘉靖帝。
这份奏折，堪称大明历史上最“胆大包天”的文书。开头先肯定了嘉靖帝早年的功绩，说“陛下御极之初，扫除奸邪，天下翕然称治”，可接着话锋一转，直接指出嘉靖帝的过错：“陛下之误多矣，其大端在于斋醮。陛下天资英断，即位初年，冠履之间，一言一动，都出于正道，天下翕然仰德。播迁以来，乃不克终厥美，好神仙，求长生，竭民脂膏，滥兴土木，二十余年不视朝，法纪弛矣。”
翻译过来就是：陛下您的错误太多了，最大的错误就是沉迷修道。您早年很英明，可后来却变了，天天炼丹求长生，花光了老百姓的钱，建了很多没用的宫殿，二十年不上朝，朝廷的法纪都废了。
更狠的是，海瑞还在奏折里说：“陛下不及汉文帝远甚。汉文帝在位二十三年，轻徭薄赋，与民休息，天下富足；陛下在位四十五年，却让老百姓流离失所，饿殍遍野，这难道是明君该做的事吗？”甚至还说：“陛下要是再这么下去，大明就要亡了！”
海瑞写这封奏折前，已经做好了死的准备。他先是把自己的家产全部变卖，给老母亲和妻子留了些生活费，然后买了一口棺材，放在家里，还跟家人、仆人一一告别，说“我这次上奏折，肯定会被皇帝杀了，你们以后好好过日子，别想我”。仆人吓得纷纷辞职，可海瑞却很平静，还特意把《治安疏》抄了几份，一份递交给朝廷，一份留给自己，一份送给了朋友。
嘉靖帝看到《治安疏》的时候，正在西苑炼丹。他一开始还没在意，可越看越生气，看到“陛下不及汉文帝远甚”的时候，气得把奏折往地上一摔，吼道：“赶紧把这个人抓起来，别让他跑了！”
旁边的太监黄锦，跟海瑞有点交情，知道海瑞是个忠臣，就赶紧劝道：“陛下，海瑞这个人，是个出了名的‘死脑筋’，他早就买好棺材了，就等着您杀他呢。他要是想跑，早就跑了，不会等着被抓。”
嘉靖帝愣了一下，捡起奏折，又仔细看了一遍。这一次，他没有那么生气了，反而叹了口气，说：“这个人跟比干一样忠，可我不是商纣王啊。”海瑞传》里详细记载了这件事：“帝得疏，大怒，抵之地，顾左右曰：‘趣执之，无使得遁！’宦官黄锦在侧曰：‘此人素有痴名。闻其上疏时，自知触忤当死，市一棺，诀妻子，待罪于朝，僮仆亦奔散无留者，是不遁也。’帝默然。”
嘉靖帝虽然没杀海瑞，但也没放他，而是把他关进了诏狱。负责审理海瑞的官员，知道嘉靖帝不想杀海瑞，就没敢对海瑞用刑，只是把他关在牢房里，每天给饭给菜。海瑞在诏狱里，该吃饭吃饭，该睡觉睡觉，一点都不害怕，还经常跟狱卒聊天，说“我骂皇帝，是为了让皇帝醒悟，只要能让大明变好，我死了也值”。
其实嘉靖帝不杀海瑞，有两个原因：一是海瑞说的是实话，嘉靖帝自己也知道沉迷修道不对，只是不愿意承认；二是嘉靖帝不想落个“杀忠臣”的名声——比干是商朝的忠臣，被商纣王杀了，商纣王成了亡国之君；要是嘉靖帝杀了海瑞，他就会被后人比作商纣王，这是他不能接受的。
可经此一骂，嘉靖帝的心情彻底坏了。他本来就因为长期吃丹药，身体越来越差，加上气火攻心，没过多久就病倒了。嘉靖四十五年（公元1566年）十二月十四日，嘉靖帝在西苑的玉熙宫驾崩，享年六十岁。
嘉靖帝驾崩的消息传到诏狱后，狱卒赶紧跑去找海瑞，说“陛下驾崩了，您有救了”。海瑞一开始不信，等确认消息后，他突然趴在地上，嚎啕大哭，哭得撕心裂肺，甚至吐了血。狱卒很奇怪，问他“您不是骂陛下吗？怎么还哭这么伤心”。海瑞说：“我骂陛下，是希望陛下能醒悟，重新治理朝政，不是希望陛下死。陛下虽然有错，但他毕竟是大明的皇帝，他死了，我心里难受。”
嘉靖帝死后，隆庆帝朱载坖继位，他一上台就下旨，释放海瑞，还把海瑞提拔为大理寺丞（正五品）。海瑞出狱后，继续当他的“硬骨头”，弹劾贪官污吏，整顿吏治，成了大明历史上着名的“清官”，被后人称为“海青天”。
嘉靖帝朱厚熜，在位四十五年，是明朝在位时间第二长的皇帝（仅次于万历帝朱翊钧）。他的一生，就像一场充满矛盾的戏——他聪明绝顶，却用错了地方；他有能力成为明君，却因为私欲，让大明走上了下坡路。
他执政的前十年，确实是个合格的皇帝。他清除正德朝的宦官专权，整顿吏治，改革科举，清丈土地，减免赋税，还打退了蒙古人的入侵，史称“嘉靖新政”，让大明有了“中兴”的迹象。世宗本纪》里说“世宗御极之初，力除一切弊政，天下翕然称治”，这是对他早年政绩的肯定。
可从嘉靖十年开始，他沉迷修道，二十年不上朝，把朝政交给内阁，导致严党专权二十年。严嵩父子贪污受贿，陷害忠良，把朝堂搞得乌烟瘴气；嘉靖帝为了炼丹、修宫殿，大肆搜刮民财，导致老百姓流离失所，流民造反不断；东南沿海的倭寇，也因为朝政腐败、军队战斗力下降，肆