金藏，还说：“我儿子有冤，我却不知道，都是我的错啊！”安金藏传》：“吾子不能自明，使汝至此，此吾之过也。”）从那以后，武则天就再也没怀疑过李旦，李旦也因为安金藏的“剖腹明志”，捡回了一条命。
李旦知道，自己虽然暂时安全了，但只要武则天还在，武家人还在，自己就随时有危险。所以他继续“装怂”，不跟大臣来往，不议论朝政，甚至连李显都很少见面——他怕自己跟李显走得太近，会被武家人抓住把柄，说他们兄弟俩想联手谋反。
在“皇嗣”生涯里，李旦还干了一件“聪明事”——主动辞掉“皇嗣”之位。当时武则天已经老了，李显作为太子，复位是迟早的事。李旦知道，自己要是继续当“皇嗣”，以后李显复位后，肯定会对自己有戒心。于是，他主动向武则天上书，请求把“皇嗣”之位让给李显。武则天本来就觉得李旦是个“麻烦”，一看他主动让位，就顺水推舟地答应了。
李旦的这个举动，既避免了跟李显的矛盾，也让武则天对他更放心。他用“不争”换来了“平安”，也为自己以后的再次登基埋下了伏笔。跟李显比，李旦更懂“以退为进”的道理——李显是“锋芒毕露”，李旦是“藏锋守拙”，这也是为什么李旦能两次登基，而李显只能两次登基却两次被废的原因。
神龙元年（公元705年），武则天病重，卧床不起，身边只有张易之、张昌宗兄弟伺候。张易之、张昌宗是武则天的男宠，仗着武则天的宠爱，在朝堂上胡作非为，甚至想趁着武则天病重，夺取皇位。
宰相张柬之、崔玄暐等人一看情况不对，就联合羽林军将士，发动了“神龙政变”，杀了张易之、张昌宗兄弟，然后逼着武则天禅位给李显。武则天没办法，只能下诏书，让李显复位，恢复唐朝国号。
李显第二次登基后，终于扬眉吐气了。他想起自己在房州的十四年苦日子，想起自己当年对韦氏的誓言，就开始疯狂“补偿”——不仅把韦氏立为皇后，还让韦氏参与朝政，甚至允许韦氏跟自己一起坐在龙椅上听政（史称“韦后干政”）。
韦氏当了皇后后，野心彻底暴露了。她想效仿武则天，当第二个女皇帝，就跟自己的女儿安乐公主、武则天的侄子武三思勾结在一起，在朝堂上拉帮结派，打压异己。张柬之等发动“神龙政变”的大臣，都被韦氏和武三思排挤出了朝堂，有的被贬到偏远之地，有的甚至被害死。
李显对韦氏的所作所为，不是不知道，而是不想管——他觉得自己欠韦氏的，当年要是没有韦氏，自己可能早就死在房州了。所以不管大臣怎么劝，他都听不进去。有一次，大臣燕钦融上书，说韦氏和武三思勾结，危害社稷，李显把燕钦融召到宫里，还没等燕钦融说完，韦氏就让人把燕钦融摔死在殿上。李显虽然有点不高兴，但也没责怪韦氏，只是说了句“以后别这样了”，就不了了之了。
安乐公主比韦氏还过分，她仗着李显的宠爱，经常跟李显要官，还想让李显立她为“皇太女”（就是未来的女皇帝）。李显虽然没答应，但也没批评她，只是笑着说“等我跟大臣们商量商量”。安乐公主一看李显没反对，就更加肆无忌惮，甚至把自己写的诏书藏在李显的诏书里，让李显签字，李显连看都不看，就签了字。
景龙四年（公元710年），李显突然驾崩，死因成谜。中宗纪》里说李显是“崩于神龙殿”体原因；《新唐书·中宗纪》和《资治通鉴》则记载，韦氏和安乐公主为了夺权，用毒饼毒死了李显。李显的死，成了压垮韦氏集团的最后一根稻草——也给了李旦和他儿子李隆基翻盘的机会。
李显一死，韦氏就想效仿武则天，先立李显的小儿子李重茂为帝（就是唐殇帝），自己当临朝称制的太后，然后再找机会废掉李重茂，自己当皇帝。她一边封锁李显驾崩的消息，一边调兵遣将，把京城的兵权牢牢抓在手里，还想除掉李旦和李隆基，以绝后患。
可韦氏千算万算，没算到李隆基早就暗中准备了。李隆基是李旦的第三个儿子，性格果敢，有勇有谋，早就看不惯韦氏的专权。他暗中联络了太平公主（武则天的女儿，李旦的妹妹）、禁军将领陈玄礼等人，计划发动政变，除掉韦氏集团。
唐隆元年（公元710年）六月二十日夜里，李隆基带着心腹将士，偷偷潜入长安，先杀了韦氏的亲信韦播、高嵩，然后率军冲进皇宫。韦氏听到动静，吓得魂飞魄散，穿着睡衣就往宫外跑，结果在飞骑营被士兵杀死；安乐公主正在梳妆打扮，想当“皇太女”，士兵冲进来时，她还没反应过来，就被砍了头；武三思的儿子武崇训也被杀死，韦氏集团瞬间土崩瓦解。
政变成功后，李隆基把李旦请到宫里，劝他登基称帝。李旦一开始还想推辞——毕竟他当了一辈子“傀儡”，早就习惯了“不争”，可太平公主和大臣们都劝他：“陛下，现在天下无主，只有您登基，才能稳定大局，保住李唐的江山啊！”李旦一看实在推不掉，再加上儿子李隆基已经掌控了局面，就答应了。
几天后，李旦在太极殿登基，第二次成为