李旦知道这是老妈在试探他，赶紧哭着拒绝：“母后圣明，朝政还是由母后掌管，儿臣能力不足，实在担不起这个重任。”武则天要的就是这句话，她顺坡下驴，继续把持朝政，还把李旦的妃子刘氏和德妃窦氏（也就是李隆基的老妈）杀了，理由是“她们搞巫术诅咒我”。李旦知道老婆是被冤枉的，可他连哭都不敢大声哭，只能在心里默默流泪——他怕自己一反抗，就会落得跟三哥李显一样的下场。
武则天的野心越来越大，她不仅要当“临朝称制”的太后，还要当皇帝。为了给自己称帝铺路，她大肆打压李唐宗室，杀了韩王李元嘉、鲁王李灵夔等一大批王爷，还鼓励告密，任用周兴、来俊臣等酷吏，把朝堂搞得乌烟瘴气。李旦看在眼里，急在心里，可他什么都做不了，只能继续“装疯卖傻”，连出门都不敢随便走——他怕自己一不小心，就成了酷吏的“猎物”。
载初元年（公元690年），武则天觉得时机成熟了，就逼着李旦禅位，还让他改姓李为姓武。李旦不敢反抗，只能乖乖地把皇位让给老妈。武则天登基后，改国号为周，史称“武周”，李旦则被降为皇嗣，赐姓武，住到东宫，跟当年的太子没什么两样——只不过，这次他连“傀儡皇帝”都没得做了，成了“傀儡皇嗣”。
李旦当“傀儡皇帝”的六年，没干过一件“皇帝该干的事”，却把“忍”字诀练到了极致。他知道，在老妈武则天的眼皮底下，只有“装怂”才能活下去，只有“不争”才能保住性命。跟他三哥李显比，李旦更懂“识时务者为俊杰”的道理——李显是“没脑子的冲动”，李旦是“有脑子的隐忍”，这也是为什么李旦能活下来，而李显在房州被流放了十四年的原因。
李显被废后，就跟韦氏一起被流放到了房州。房州在当时是个偏远之地，气候恶劣，交通不便，跟繁华的长安城比，简直就是天上地下。李显从“九五之尊”一下子变成了“罪臣”，心里的落差可想而知。
更让他害怕的是，武则天还没放过他。武则天当上皇帝后，一直担心李显会在房州搞事，经常派使者去“慰问”。每次使者一来，李显就吓得魂飞魄散，以为是来赐死他的，好几次都想自杀。韦氏一看，赶紧拉住他，说：“祸福无常，反正都是一死，你怕什么？不如再等等，也许还有转机呢？”
李显听了韦氏的话，才慢慢镇定下来。在房州的十四年里，韦氏成了他唯一的精神支柱。两人相依为命，一起吃粗茶淡饭，一起面对恶劣的环境，一起躲避武则天的监视。李显感动得不行，对韦氏发誓：“要是以后我能重登皇位，你想干什么就干什么，我绝不拦着你！”唐纪二十三》：“异时幸复见天日，当惟卿所欲，不相禁御。”）——他当时肯定没想到，这句话后来会让他死无葬身之地。
房州的日子虽然苦，但李显也不是完全没收获。他在房州期间，终于看清了人心险恶，也明白了权力的重要性。他不再是那个只会说荒唐话的“傻皇帝”，开始学着观察局势，学着隐忍。他知道，武则天已经老了，总有一天会去世，只要自己能活下去，就有机会回到长安，重新当皇帝。
果然，到了圣历元年（公元698年），武则天的身体越来越差，朝堂上的矛盾也越来越激烈。武则天的侄子武承嗣、武三思想当太子，一直在武则天面前吹风，说“自古天子未有以异姓为嗣者”狄仁杰传》），意思是“从来没有皇帝把皇位传给外姓人的”，想让武则天立武家人为太子。
这时候，宰相狄仁杰站了出来，劝武则天：“陛下，您要是立武家人为太子，以后太庙祭祀的，是武家的祖先，不是您；您要是立李显为太子，以后您还能以太后的身份，被供奉在太庙。何况，李显是您的亲儿子，武承嗣、武三思是您的侄子，儿子和侄子，哪个更亲，陛下您心里清楚。”
武则天听了狄仁杰的话，心里动摇了。再加上当时民间都希望李唐复位，武则天觉得要是再坚持立武家人为太子，可能会引起天下大乱。于是，她下了一道诏书，把李显从房州接回长安，重新立为太子。
李显接到诏书的时候，简直不敢相信自己的眼睛。他跟韦氏相拥而泣，十四年的隐忍和等待，终于有了结果。可他不知道，长安不是“天堂”，而是另一个“战场”——他虽然重新当上了太子，但武则天还在，武家人还在，朝堂上的权力斗争，比房州的日子更凶险。
李显被接回长安当太子后，李旦的日子也不好过。他之前是“皇嗣”，现在李显回来了，他就成了“多余的人”。武承嗣、武三思看李显成了太子，就把目标对准了李旦，想除掉他，以免以后李显复位后，李旦跟他们争权。
有一次，武承嗣让人诬告李旦“谋反”，武则天派来俊臣去审问李旦的手下。来俊臣是出了名的酷吏，手段残忍，只要被他抓住，不管有没有罪，都会被屈打成招。李旦的手下们被打得皮开肉绽，眼看就要招供，这时候一个叫安金藏的乐工站了出来，对来俊臣说：“皇嗣没有谋反，你们要是不信，我就剖开我的心，证明皇嗣的清白！”说完，他就拿起一把刀，剖开了自己的胸膛，鲜血直流。
武则天听说这件事后，深受感动，赶紧派人去救安