土司，试图扩大自己的势力范围。四川巡抚纪山得知消息后，立即派兵弹压，然而，他低估了莎罗奔的实力和金川地区的复杂地形，清军初战失利，这让朝堂上下一片哗然。
弘历意识到，金川虽小，但地理位置关键，若任由莎罗奔嚣张，不仅会破坏西南边疆的稳定，还可能引发其他土司的效仿，动摇朝廷对该地区的统治。于是，他决定再次启用张广泗——这位在平定苗疆中立下大功的老将，命其为川陕总督，前往金川平叛。
张广泗抵达金川后，才发现事情远比想象中棘手。金川地区山高谷深，土司们利用险峻的地形修建了大量战碉，这些碉楼依山而建，高达数十米，墙体坚固，易守难攻，堪称天然的防御工事。清军的火炮对其难以造成实质性损伤，士兵们仰攻时更是暴露在对方的火力之下，伤亡惨重。
更让张广泗头疼的是，当地土司之间关系盘根错节，时而联合抗清，时而互相攻伐，清军很难摸清他们的真实动向。莎罗奔更是狡猾，利用熟悉地形的优势，不断袭扰清军，让张广泗的大军陷入了进退两难的境地。战局僵持不下，消息传到京城，弘历的耐心也逐渐耗尽。
乾隆十三年，弘历派首席军机大臣讷亲前往前线督师。讷亲是开国功臣之后，素来骄横，他一到前线就盲目下令强攻，结果清军损失更为惨重，士气大受打击。而张广泗与讷亲又互相掣肘，矛盾重重，致使战事毫无进展。《清史稿》中记载：“讷亲至军，限三日取噶拉依，攻之不下，伤亡甚众。广泗持异议，讷亲益不怿，军无统帅，士皆解体。”
弘历得知前线的混乱局面后，龙颜大怒。他深知，这样下去只会白白消耗国力，于是果断采取措施：将讷亲革职处死，张广泗也因指挥不力被押解回京斩首。随后，弘历任命傅恒为经略，前往金川主持战事。
傅恒吸取了前两人的教训，到达金川后，没有急于进攻，而是先整顿军纪，鼓舞士气，同时深入了解地形和土司内部的矛盾。他发现，金川土司虽然表面团结，但内部并非铁板一块，一些小土司对莎罗奔的霸道早已不满。于是，傅恒采取了剿抚并用的策略，对顽抗者坚决打击，对愿意归顺的则给予优待。
在军事上，傅恒针对战碉的特点，制定了“断其水道、困其粮道”的战术，派士兵绕到碉楼后方，切断其水源和补给。同时，他还命令工匠改进火炮，增加射程和威力，专门轰击碉楼的薄弱之处。在傅恒的精心部署下，清军逐渐掌握了战场主动权，莎罗奔的势力被不断削弱。
乾隆十四年，莎罗奔见大势已去，再也无力抵抗，只好带着部众向清军投降。第一次金川之役终于以清军的胜利告终。这场战役持续了近三年，耗费了大量的人力物力，让弘历深刻认识到西南土司问题的复杂性和顽固性，也为后来的改土归流政策提供了惨痛的经验教训。
准噶尔部一直是清朝西北边境的心腹大患。康熙、雍正两朝都曾与准噶尔发生过多次战争，但始终未能彻底解决这个问题。到了乾隆时期，准噶尔内部发生分裂，达瓦齐和阿睦尔撒纳为了争夺汗位，互相攻伐，使得准噶尔陷入了混乱之中。
阿睦尔撒纳在与达瓦齐的争斗中失利，走投无路之下，率领部众归顺了清朝，并向弘历献上了平定准噶尔的计策。弘历敏锐地意识到，这是彻底解决准噶尔问题的绝佳时机。他力排众议，决定出兵准噶尔。
乾隆二十年，弘历任命班第为定北将军，永常为定西将军，兵分两路，向准噶尔发起进攻。清军一路势如破竹，准噶尔部众早已厌倦了内部的纷争，纷纷望风而降。达瓦齐率领残部逃到伊犁西南的格登山，负隅顽抗。清军将领阿玉锡率领二十余名骑兵，趁夜突袭达瓦齐的营地，准噶尔军队以为清军主力赶到，顿时溃不成军，达瓦齐仓皇逃窜，最终被乌什城的阿奇木伯克擒获，献给了清军。
平定达瓦齐后，弘历本想对淮噶尔部进行安抚，将其分为四部，由四汗分别管理。然而，阿睦尔撒纳却心怀异志，他并不满足于清朝给予的封赏，一心想成为整个准噶尔的大汗。于是，他暗中勾结其他部落，发动了叛乱。
阿睦尔撒纳的叛乱让弘历震怒，他立即下令再次出兵平叛。乾隆二十一年，清军兵分三路，再次进入准噶尔地区。此时的准噶尔部经过长期的战乱，早已元气大伤，加上阿睦尔撒纳的叛乱不得人心，清军进展顺利。阿睦尔撒纳见势不妙，逃往沙皇俄国。
清军多次向俄国索要阿睦尔撒纳，但俄国方面却以各种理由推脱。直到乾隆二十二年，阿睦尔撒纳在俄国患上天花去世，俄国才将他的尸体交给清朝。至此，准噶尔部的叛乱被彻底平定，清朝终于完成了对西北边疆的统一。《清史稿》中记载：“准噶尔平，拓地二万余里，西域悉入版图。”
准噶尔部被平定后，回部（维吾尔族）贵族大小和卓木（波罗尼都、霍集占）趁机发动叛乱。大小和卓木原本是被准噶尔部囚禁的，清军平定准噶尔后，将他们释放，并让他们管理回部事务。但他们却妄图分裂国家，自立为王。
乾隆二十三年，弘历任命兆