然而，就在此时，韩信暗中联络赵亥的余党，意图发动叛乱。赵亥被擒后，其党羽潜伏在关中各地，韩信派人给他们送去密信，约定在秋收之后，趁刘邦前往新丰城视察之机，发动叛乱，拥立自己为帝。没想到，这封密信被刘邦派去监视韩信的亲信截获，送到了刘邦手中。
刘邦大怒，召集萧何、陈平、曹参等人商议对策。“韩信狼子野心，竟敢谋反！朕欲即刻派人将他擒获，处以极刑！”刘邦咬牙切齿地说。陈平连忙道：“陛下，韩信手握兵权，若贸然出兵，恐会引发战乱。臣有一策，可智取韩信。”
萧何也道：“陛下，陈平所言极是。韩信勇猛善战，若他率军叛乱，关中必将大乱，我们多年的心血将毁于一旦。臣建议，以‘庆祝汉渠修成’为由，召开庆功宴，召韩信入宫赴宴，届时在宫中设下埋伏，将他擒获。”刘邦采纳了他们的建议，决定在长乐宫召开庆功宴。
庆功宴当日，韩信果然前来赴宴。他自以为叛乱计划天衣无缝，丝毫没有察觉异样。当他走进长乐宫大殿时，埋伏在两侧的士兵立刻冲出，将他擒获。韩信挣扎着喊道：“朕无罪！你们为何擒我？”刘邦拿出密信，扔到他面前：“你勾结赵亥余党，意图谋反，还敢说无罪？”韩信看着密信，脸色惨白，再也说不出话来。
处置了韩信后，刘邦对萧何更加信任。他对群臣道：“若不是萧丞相深谋远虑，及时察觉韩信的谋反意图，大汉必将陷入战乱。萧丞相真是朕的左膀右臂啊！”萧何躬身道：“陛下过奖了。这都是臣的本分，若没有陛下的信任和支持，臣也无法成事。”
汉渠修成后的第二年，关中地区迎来了大丰收。渭水两岸的农田亩产较去年翻了两倍，百姓们不仅填饱了肚子，还有了余粮。为了感谢萧何的功绩，百姓们自发组织起来，制作了一面“万民伞”，送到了丞相府。萧何推辞不过，只得收下，却将“万民伞”悬挂在丞相府大门外，对前来拜访的官员说：“这不是我的功绩，是陛下圣明，是百姓辛勤劳作的结果。”
秋收之后，刘邦在长乐宫设宴，款待群臣。宴会上，刘邦举起酒杯，对萧何道：“萧丞相，汉渠修成，关中丰收，百姓安居乐业，这都是你的功劳！朕敬你一杯，祝你身体健康，万事如意！”萧何连忙起身，举杯回敬：“陛下，这都是陛下推行‘休养生息’国策的结果，臣不过是略尽绵薄之力。臣敬陛下一杯，愿陛下龙体安康，大汉江山永固！”
群臣也纷纷起身，举杯共饮。灌婴走到萧何面前，羞愧道：“丞相，当年臣质疑你的功绩，是臣愚昧。如今看到关中的景象，臣才明白，安邦定国，不仅需要沙场猛将，更需要你这样的治国良相。臣敬你一杯，愿你我今后同心协力，辅佐陛下！”萧何笑着道：“灌将军言重了。当年之事，我早已忘记。今后我们同为大汉臣子，当共辅陛下，共创太平盛世！”
宴会进行到一半，内侍传来消息，说关中百姓自发前来长安，为刘邦和萧何祈福。刘邦和萧何来到长乐宫城楼上，只见数十万百姓聚集在宫门外，手持香烛，高呼“陛下万岁，丞相千岁”。刘邦看着眼前的景象，感慨道：“萧丞相，你看这天下太平，百姓安乐，这就是朕当年起兵的初衷啊！”萧何道：“陛下，只要我们坚持‘轻徭薄赋、与民休息’的国策，大汉必将长治久安，百姓必将永远安乐！”
此后，萧何更加用心地辅佐刘邦治理朝政。他进一步完善了《汉律九章》，删除了其中残留的少数严苛条款，增加了“劝农桑、奖孝悌”的内容，使律法更加人性化；他建立了完善的官员选拔制度，规定各地每年举荐“孝廉”一人，送往长安考核，合格者任命为官员，打破了贵族对官职的垄断；他还整顿了财政制度，统一了货币和度量衡，促进了商业的发展。
在萧何的治理下，大汉的国力日益强盛。关中地区的人口较建国初期增加了一倍，粮食储备足够全国百姓食用五年，军队的装备也得到了极大改善，骑兵数量从建国初期的不足一万增加到五万。北疆的匈奴见大汉国力强盛，也不敢轻易南下，派使者前来长安，请求“和亲”。刘邦按照萧何的建议，将宗室女子封为公主，嫁给冒顿单于，并赠送了大量的丝绸和粮食，双方达成和平协议，北疆边境迎来了暂时的安宁。
然而，长期的操劳让萧何的身体越来越差。他常年熬夜处理政务，饮食不规律，患上了严重的胃病。刘邦得知后，派太医院院正亲自为他诊治，还赐给他骊山温泉宫，让他前去静养。但萧何只在温泉宫住了三日，便返回了丞相府，继续处理政务。他对家人说：“如今大汉虽已安定，但还有许多事情要做。我身为丞相，岂能因一己之病而耽误朝政？”
刘邦得知后，心中感动不已，亲自前往丞相府探望。他看着萧何憔悴的面容，道：“萧丞相，你为大汉操劳一生，朕心中甚是不忍。今后朝中政务，你可交给曹参和陈平处理，你安心养病，朕等你康复！”萧何道：“陛下，臣还能坚持。如今《汉律》尚未完全推行到全国，官员选拔制度也需进一步完善，臣怎能安心养病？”刘邦无奈，只得命太医院每日派人前来丞相府为萧何诊治，并赐给他大量的补品。
这年冬天，萧