幕府武士们，本来就不准备抵抗大明。
主战的细川赖之被杀，城内各派却混战不休，在大明大军兵临城下的时候，京都城的足利幕府已经山穷水尽了，完全失去了对外界的掌控。
幕府的武士们簇拥着十二岁的幕府将军足利义满，押解北朝拥立的后光严天皇和剩馀天皇家族成员，向抵达京都的大明军队投降。
大明的火统兵进城平叛，快速镇压了混乱不止的各方武士。
南朝方面，无论是被迫退位的长庆天皇宽成，还是主和派拥立的后龟山天皇熙成，现在也都已经无法联系名义上效忠南朝的大名了。
九州等地方上的大名和武士们，他们自己都已经自身难保了，现在根本没有力量向遥远的吉野方面供应作战力量和资源了。
所以在大明军队抵达吉野的时候，后龟山天皇熙成率领属下的的南朝的公卿和武士们，也主动离开山中的据点，向赶来的大明军队投降了。
到洪武五年的冬季的时候，倭国只剩下少数山中土司还在据城坚守。
朱元璋收到倭国南北两朝接连投降的消息之后，就正式宣布在原倭国的范围内设立日本海都指挥使司，仍然归大明海军都督府管辖。
用日本都司对旧有倭国全境实施军管，开始统计剩馀的倭国人口数量，全面恢复耕地。
原有的普通倭人，交给大明军队临时管辖，登记筛选之后进一步处理。
年轻女子继续留在这里，分给来倭国屯垦开荒的军户，男性青壮将陆续送去新洲和南洋去当劳工。
日本都司衙门的官员，全部由大明的武官充任，选派一些大明和倭国的商人当翻译。
至于足利义满和家族成员，以及倭国的几个天皇的家族成员，接下来全部送到吕宋去挖矿到死。
到了山穷水尽的情况下才投降，那大明就没有任何条件给他们了。
没有他们的前辈一样，直接送去江华岛处决，就已经是给他们投降的福利了。