解决了亚马多和小三郎制造的宝可梦袭击事件后，小智一行人继续着他们的橘子群岛诸岛旅行
广阔的海洋上，三人乘坐在乘龙的背部前往下一个岛屿，但一处亮光吸引了小智的目光，看在过去时，只见一个漂流瓶漂流在海上，好奇的小智将其捡起并拿出了里面的信封
“娜姿姐，小银你们快看，这里面有封信”
“这没什么大惊小怪的，小智这应该是附近的岛民送出来的，毕竟经常会有这样的漂流瓶出现在海上”
“原来是这样吗？那让我打开看看吧，如果有谁知道关于水晶大岩蛇这个宝可梦的线索，请一定要告诉我，万事拜托了，碰柑岛的正美上
不过话说回来，真的有水晶大岩蛇这种宝可梦吗？如果有的话，我还真想看看呢”
而在乘龙的前方，一座小岛赫然出现在那里，正是信件中所提到的碰柑岛，见状，小智立刻让乘龙加速赶往了碰柑岛的海滩
而在上岛之后，三人立刻来到了一处小镇，并见到了各式各样由玻璃制成的商品，小银也为小智和娜姿讲解着碰柑岛的事情
“小智，碰柑岛这个地方就是以岛上所制造的玻璃制品而闻名的，岛上的大部分居民都是制作玻璃工艺品的师傅，因此呢，这里的观光客也特别的多”
就在小银为小智两人解说着关于碰干倒的事情时，三人就听到了前方的一阵吵闹声，只见一名中年大叔正对着一名小女孩大声的嚷嚷着什么？
随后，在大叔离开回到店铺时，小智也带着娜姿和小银走上前，询问起小女孩的状况
“小妹妹，你还好吧？”
“没事”
“小妹妹，难道这家店只有你一个人看店吗？”娜姿在看了看店面的商品，又看了看面前的小女孩后，不禁疑惑的开口询问着对方
“不是这样的大姐姐，这些玻璃制品都是我哥哥阿功做的，可是我哥哥现在没办法做出很好的玻璃作品”
说着，小女孩就失落的低下了头，而小银在询问过对方的名字，在得知是捡到漂流瓶主人的正美后，小智也急忙将那封信拿了出来
“原来你就是正美啊？这封信应该就是你写的吧？”
“是我写的信，大哥哥，你们是看到这封信赶过来的吗？你们是来告诉我水晶大岩蛇的事吗？”
“呃，不是这样的，其实……其实我们也不清楚水晶大岩蛇的事情”，闻言，正美也失落的低下了头，小智见状，不由好奇水晶大岩蛇的传说是否存在
“可是我很好奇，世界上真的有水晶大岩蛇存在吗？”
听到小智的疑惑，正美邀请三人进入了玻璃工坊内，见到了正为制作作品而苦恼的阿功，而在得知事情的来龙去脉后，小智当即决定帮助阿功寻找水晶大岩蛇真正的所在地
而在隔壁的商店，火箭队三人组由于打破了玻璃制品，在此打工还债的期间，也打听到了水晶大岩蛇的传说，并决定将其捕捉送到板木那里
而在岛上，小银也放出了自己的玛丽露丽，凭借着对方的敏锐听觉，开始不断的寻找着水晶大岩蛇的位置，而在来到一处海边后，只见两边的海水在逐渐的分开，形成了一道通往隔壁小岛的小路
“厉害，真是没想到，海水分开后会生成一条小路”
“小智，应该是满朝的时候，这条道路被海水淹没，所以才没人注意到，我想水晶大岩蛇应该就是通过这条道路，或者说他是不惧怕海水游到这里的”
“我想应该是这样的，因为今天是大潮，海水的涨落变得不规律起来，所以这条小道才会显示出来”
听到娜姿和阿功的分析，小智当即决定前往对面小岛寻找水晶大岩石的踪迹，但在跑道一半时，娜姿就拉住了冲在最前方的小智，并拦住了身后的小银，阿功和正美
“小智，不要这么大以轻心的，这下面是个陷阱，而且还是老熟人挖的陷阱，我说的对吧？武藏，小次郎”
“没想到被发现了呀”
（火箭队经典台词）
“火箭队又是你们三个！”
“小鬼头，水晶大岩蛇的事情，我们都已经听到了，所以我们才一直跟在你们后边”
“水晶大岩蛇归我们了，你们就老老实实在这呆着吧”
听到武藏和小次郎的话，正美马上哭喊了起来，小智见状，立刻拿出了甲贺忍蛙和喷火龙的精灵球
“正美不要哭了，我一定会阻止他们的。甲贺忍蛙，喷火龙就决定是你们了”
“既然如此，阿伯怪，大舌头，上吧”
“去吧，双弹瓦斯，大食花”
但武藏和小次郎的四只宝可梦刚一出来就被喷火龙一发喷射火焰秒杀，随即被甲贺忍蛙使用神通力连同火箭队三人组一同抛飞到天上
“我们才刚刚出场啊”
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“可恶，真不甘心啊”
见到火箭队三人组被打飞，上天变成流星后，小智也将喷火龙和甲贺忍蛙收了回来，随后几人迅速的穿过了河洋小道