在夏干道馆赢得樱花徽章的小智一行人，继续着他们的橘子群岛之旅，而在海面上，小智正无精打采的趴在了乘龙的背上
“哎呀，肚子好饿啊，食物都已经吃没了，再不到下一个岛上，我们会饿死的”
“再坚持一下吧小智，按照现在的路线来航行的话，很快就能到达金柑岛了，到时候我们再去大吃一场吧”
“说的没错，小智你就再忍耐一下吧”
而很快，乘龙便来到了金柑岛的港口，小智在娜姿和小银的搀扶下登上港口，就将乘龙收回精灵球后，而在一处幽暗的密室之中，一男一女正通过电子摄像头看着位于港口处的小智他们
“哦，新的猎物来了”
“不过那些小鬼……还真是令人怀念啊”
而在小智这里，刚准备前往餐厅大吃一顿的他，转头就看到了一群宝可梦正在袭击他们自己的训练家
“那是怎么回事啊？”
“好像是宝可梦正在袭击他们的训练家”
“而且看那些宝可梦的样子，感觉有些不对劲，小智，我们快过去看看吧”
“皮卡丘，我们去救他们吧”
只不过就在小智和皮卡丘以及伊布上前时，大群的小磁怪出现在了他们身边将小智与皮卡丘和伊布隔开，随后便释放出电击不断的攻击着小智
而一只雷电球在此时发动了大爆炸，硝烟散去后，皮卡丘和伊布以及其他宝可梦的身影早已消失不见，被炸得灰头土脸的小智和那些丢失自己宝可梦的训练家一样大喊出声
而就在娜姿和小银安慰着小智的心情，并帮他擦拭身上的灰尘时，一阵警笛声响起，君莎小姐骑着警用摩托车赶到了这里
“对不起，我来迟了”
“君莎小姐，我的皮卡丘不知道被那些宝可梦带到哪里去了，到底是怎么一回事啊君莎小姐”
“小智，你先别激动，最近这座岛上的宝可梦突然不知道为什么不听从训练家的话，接连的发生了很多起宝可梦袭击人的事件，我和鬼斯正在调查这件事情”
听完君莎小姐讲述事情的情况后，小智当即决定和对方一同调查这起案件，娜姿和小银对视了一眼，随即便看向了不远处的火箭队三人组
“是不是你们火箭队搞的鬼？”
“我想应该是的，应该是亚马多和小三郎搞的事情，只不过爸爸他……”
“不管怎样，先找回皮卡丘和伊布他们，随后再来处理那两个家伙的事情”
两人在商量完后，也跟着小智一同来到了警察局，与君莎小姐一同调查起案件的发生情况
与此同时，在都市之中的火箭队三人组，喵喵也受到了催眠波的影响，朝着一处管道的方向不断的前进，武藏和小次郎也紧跟其后，来到了那一处神秘的实验室，见到了案件的幕后凶手
“亚玛多？”
“小四郎？”
“不对，我是小三郎，小次郎你个白痴”
“你们为什么会在这个地方呢？”而武藏刚一问完，附近响起了一阵阴森的音乐，亚玛多和小三郎也如同刻在dna一般回应着
“应该是我大发慈悲的告诉你啊，连台词都背不对”
随即，四人就对于各自的开场白开始争论了起来，在一阵折腾过后，武藏和小次郎以及亚马多和小三郎气喘吁吁的分道扬镳
亚玛多在喘了几口粗气后，便开口嘲讽着武藏与小次郎，而被催眠的喵喵则跑到了亚玛多的身旁亲昵的蹭着她的脚
“喵喵已经成为我们的属下了，你看那边吧”
小三郎在指过一处空地后灯光亮起，大量被催眠波控制的宝可梦以及被关在容器之中的皮卡丘和伊布展示了出来
“真是烦死了，做坏蛋是要吃回扣的，去吧，阿伯怪，大舌头”
“放吧，双弹瓦斯，大食花”
见到两人派出自己的宝可梦，小三郎随即音效的打了个响指，一只素立普从半空的机械中漂浮下来，开始释放催眠波将四只宝可梦催眠，并协同喵喵一同将两人赶了出去
而当两人再次醒来时，便到了警察局，见到了正在使用常磐之力为两人治疗的小智满头大汗的瘫坐在椅子上
“啊，真是累死我了，武藏，小次郎，你们两个到底为什么会昏倒在街头啊？”
“谢谢你们救我们，小鬼头，只不过帮助警察办案，有损我们坏蛋的行头”
说着，两人便要离开警察局，但娜姿却挡在了他们身前，双眼中散发着蓝光，身后，小银则抛着手中的精灵球的看向了他们
“劝你们最好把事情说清楚，不然的话就别怪我们不客气了”
“如果你们说了的话，我不介意给你们发点奖金哦”
看着气势汹汹的两人，又想起了自己被夺走的宝可梦武藏和小次郎在威逼利诱下，决定帮助他们前往电波发射塔
而在进入电波发射塔后，五藏和小次郎对视一眼，将手中推着装满精灵球的推车推了出去
小智，君莎小姐，娜姿和小银四人立刻冲了出来，随后便看向了亚玛多和小三郎身后的众多宝