回城，结果城门关了，“单骑奔叶赫”，乌拉部就此灭亡。努尔哈赤派人去叶赫部要布占泰，叶赫部不给，双方的矛盾彻底激化。
在统一女真的过程中，努尔哈赤还做了三件大事，为后金的建立打下了基础：
第一件是“始制国书”。万历二十七年，他命额尔德尼和噶盖根据蒙古文字创造满文，解决了女真族没有文字的问题。以前女真族开会，只能靠比划或者用蒙古文、汉文，现在有了自己的文字，就可以制定法律、记录历史，相当于有了自己的“操作系统”。
第二件是“开矿，采金银，置铁冶”。万历二十七年，他开始开采金银矿，建立炼铁厂，解决了军费和武器问题。以前女真族的武器大多是骨器、石器，偶尔有几件铁器也是从明朝买的，现在自己能炼铁了，武器装备水平一下子提上来了。
第三件是“限民田”。万历三十四年，他规定“每丁给田五晌，五晌之外，馀田皆为官田”——按人口分配土地，多余的土地归国家所有。这既解决了土地分配问题，也增加了国家税收，相当于建立了自己的“经济体系”。
万历三十六年，明朝封努尔哈赤为“龙虎将军”，这是明朝在辽东地区的最高武官头衔。努尔哈赤表面上对明朝感恩戴德，每年都派人去北京朝贡，实际上却在暗中积蓄力量，等待时机。
万历四十四年，公元1616年，这一年的正月初一，努尔哈赤在赫图阿拉城（今辽宁新宾）正式称汗，国号“大金”，史称“后金”，年号“天命”。这一年，他五十八岁，从二十五岁起兵，用了三十三年时间，终于从一个丧家之犬，变成了一个国家的君主。
《清史稿》记载，这一年“恩格德尔会蒙古五部使来朝贡，尊太祖为神武皇帝”——蒙古五个部落的使者来朝贡，尊努尔哈赤为神武皇帝。虽然这有点自吹自擂的成分，但也说明努尔哈赤已经得到了蒙古部落的认可。
称汗后的努尔哈赤，做的第一件事就是完善八旗制度。八旗制度是在牛录制度的基础上发展而来的，最初只有黄、白、红、蓝四旗，后来又增加了镶黄、镶白、镶红、镶蓝四旗，共八旗。每旗下辖五个甲喇，每个甲喇下辖五个牛录，每个牛录有三百人，一旗就是七千五百人，八旗总共六万人。
八旗制度的厉害之处在于，它既是军事组织，又是行政组织，还是生产组织。平时大家种地、打猎，战时放下锄头拿起刀枪就能打仗，相当于“兵民合一”。这种制度在当时非常先进，比明朝的卫所制度强多了——明朝的卫所士兵，平时种地，战时打仗，但军官吃空饷、士兵逃亡的问题很严重，战斗力低下。
接下来，努尔哈赤开始准备对明朝动手。万历四十六年，公元1618年，他以“七大恨”告天，正式起兵反明。“七大恨”的内容主要是：明朝杀了他的祖父和父亲、明朝支持叶赫部欺负他、明朝不许女真族在边境放牧等等。虽然这些理由有些牵强，但在当时却起到了很好的动员作用，女真族上下同仇敌忾，都想跟明朝干一场。
同年四月，努尔哈赤率两万大军攻打抚顺。抚顺守将李永芳是个软骨头，看到后金军队兵临城下，没怎么抵抗就投降了。努尔哈赤没杀他，反而“妻以孙女”——把孙女嫁给了他，还封了他一个副将的官职。这招叫“招降纳叛”，很快就有很多明朝官员和士兵投降了后金。
明朝得知抚顺失守后，派杨镐为辽东经略，率十万大军（号称四十七万）分四路攻打后金，史称“萨尔浒之战”。这一战，明朝军队兵分四路，分别由杜松、马林、刘綎、李如柏率领，企图合围赫图阿拉城。
努尔哈赤得知消息后，制定了“凭你几路来，我只一路去”的战术，集中优势兵力，各个击破。他先派大贝勒代善、四贝勒皇太极率主力去打杜松的西路军，杜松是个急性子，不等其他三路军队到来，就率先发起进攻，结果在萨尔浒（今辽宁抚顺东）被后金军队包围，“全军覆没”，杜松本人也战死了。
接着，努尔哈赤又率主力去打马林的北路军，马林是个胆小鬼，看到杜松战败后，就龟缩在尚间崖（今辽宁抚顺北）不敢动，结果被后金军队包围，“大败，马林仅以身免”。
然后，努尔哈赤又派代善、皇太极去打刘綎的东路军，刘綎是明朝的名将，战斗力很强，但他孤军深入，又遇到了后金军队的埋伏，“力战而死，全军覆没”。
最后，李如柏的南路军得知其他三路军队都战败后，吓得魂飞魄散，没怎么打仗就撤退了。萨尔浒之战，后金军队以少胜多，歼灭明朝军队四万余人，缴获了大量的武器和物资。
这一战，是明朝和后金的转折点。明朝经此一战，元气大伤，再也无力主动进攻后金；而后金则声威大震，开始从战略防御转向战略进攻。
萨尔浒之战后，努尔哈赤乘胜追击，先后攻占了开原、铁岭、沈阳、辽阳等重镇，把后金的都城从赫图阿拉迁到了辽阳，后来又迁到了沈阳，改名“盛京”。
但随着年龄的增长，努尔哈赤的性格也变得越来越多疑和残暴。他晚年做了两件错事，给后金的发展留下了隐患。
第一件是杀了长子褚英。褚英是努尔哈赤的长