还有不少建文旧臣不服。最有名的就是方孝孺，朱棣让他写即位诏书，他偏不，还骂朱棣燕贼篡位。朱棣恼了，说要诛他九族。方孝孺梗着脖子：诛十族又如何？结果朱棣真就把他的门生故吏算成第十族，杀了八百多人。
这事儿确实够狠，但也别怪朱棣心黑。他这皇位来得名不正言不顺，不杀几个人立威，根本镇不住场子。除了方孝孺，齐泰、黄子澄这些建文重臣也都被处死，家属流放。不过，朱棣也不是乱杀人，只要肯归顺的，比如夏原吉、蹇义这些有本事的，他都照用不误，而且委以重任。
稳住局面后，朱棣开始搞建设。他干的第一件大事，就是迁都北平。南京这地方，虽然富庶，但离北方太远，不利于防备蒙古。北平是他的老巢，又是战略要地，迁都再合适不过。
从永乐四年（公元1406年）开始，朱棣下令修建北平宫殿，也就是后来的紫禁城。这工程可太大了，光是准备材料就花了十年，召集了全国上百万工匠和民工。光是一块太和殿的丹陛石，就从房山用了两万多人拉了二十多天。永乐十八年（公元1420年），宫殿建成，朱棣正式迁都，把北平改名为。
迁都这事儿，遭到不少大臣反对，说劳民伤财。但朱棣力排众议，硬是办成了。事实证明，这步棋走得太对了——北京作为都城，既巩固了北方边防，又加强了对全国的控制，影响了中国几百年的政治格局。
除了迁都，朱棣还干了不少大事：
一、编修《永乐大典》：他让解缙、姚广孝主持，召集了三千多文人，用了五年时间，编成了一部中国古代最大的类书。这部书收录了古今图书七八千种，字数超过三亿，可惜后来大部分失传了。朱棣编这部书，一是为了炫耀文治，二是为了把建文旧臣的精力从政治上引开，可谓一石二鸟。
二、疏通大运河：元朝的大运河有些地方淤塞了，朱棣派宋礼等人重新疏浚，打通了从北京到杭州的水路。这一下，南方的粮食和物资就能源源不断运到北方，解决了迁都后的供应问题。
三、改革官制：他设立了内阁，让几个有学问的大臣帮他处理奏章，这就是后来内阁制的雏形。还加强了锦衣卫，又设立了东厂，让太监负责，监视官民——这一手，后来虽然出了不少乱子，但在当时确实帮他巩固了权力。
朱棣治国，跟他老爹朱元璋很像，既严厉又勤政。他每天天不亮就上朝，中午就吃点简单的饭菜，接着处理政务，晚上还经常召见大臣讨论国事。有大臣劝他注意身体，他说：老百姓都在干活，我当皇帝的，能偷懒吗？
在他的治理下，明朝国力蒸蒸日上，粮食满仓，人口增加，史称永乐盛世。《明史》说威德遐被，四方宾服，明命而入贡者殆三十国，虽然有点夸张，但也确实反映了当时的繁荣景象。
朱棣这辈子，最惦记的就是蒙古人。毕竟，他在北平跟蒙古打了半辈子交道，知道这些不老实，不打服了，明朝就别想安生。
永乐八年（公元1410年），朱棣第一次亲征蒙古。这次打的是鞑靼部，首领本雅失里和阿鲁台，一个傲慢，一个狡猾。朱棣率五十万大军出塞，本雅失里吓得往西跑，阿鲁台则往东躲。朱棣兵分两路，自己追本雅失里，在斡难河（就是成吉思汗发家的地方）把他打垮；另一路追阿鲁台，也大胜而归。
班师回朝的时候，朱棣还在擒胡山刻了块碑，写着瀚海为镡，天山为锷，又在清流泉刻了于铄六师，禁暴止侮，那叫一个意气风发。
但蒙古人就像打不死的小强，这边鞑靼刚消停，那边瓦剌又起来了。永乐十二年（公元1414年），朱棣第二次亲征，在忽兰忽失温（今蒙古乌兰巴托附近）跟瓦剌大战。瓦剌骑兵很猛，还带了神机铳（一种火器）。朱棣亲自督战，派神机营先打一轮，再让骑兵冲锋，硬是把瓦剌打垮，斩杀王子十余人，士兵数千。
接下来的几年，蒙古各部老实了不少，纷纷遣使朝贡。但朱棣还是不放心，永乐二十年（公元1422年）到二十二年（公元1424年），又三次亲征，目标主要是阿鲁台的鞑靼部。这几次虽然没打什么大仗，但朱棣就是要让蒙古人知道：明朝皇帝不好惹，敢来捣乱，就打到你服为止！
五征漠北，耗费了大量人力物力，有大臣劝他别打了。朱棣却说：我打蒙古，不是为了好大喜功，是为了让子孙后代能过上安稳日子。现在多流点血，将来就少流血。这话虽然有道理，但连续用兵也确实让明朝的财政有点吃不消。
除了打蒙古，朱棣还派兵征服了安南（今越南）。安南本来是明朝的属国，后来内部作乱，还杀了明朝的使者。朱棣怒了，派张辅率军征讨，把安南变成了明朝的一个省，设交趾布政使司管辖。虽然后来安南又独立了，但至少在永乐年间，明朝的版图达到了顶峰。
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如果说五征漠北是朱棣的，那七下西洋就是他的（或者说外交秀）。这事儿的策划者，是朱棣和姚广孝，执行者则是三宝太监郑和。