窦建德一被抓，王世充在洛阳城里彻底绝望了，打开城门投降。这一战，李世民灭了两大巨头，唐朝统一的大局基本定了。可功高震主的道理，李世民不是不懂——他回到长安的时候，李渊封他为“天策上将”，位在诸王之上，还允许他开“天策府”招贤纳士，看起来风光无限，可背后的眼睛，已经越来越多了。
李世民功劳越大，太子李建成就越慌。按说李建成是嫡长子，当太子天经地义，可李世民手里有兵、身边有人才（房玄龄、杜如晦、尉迟恭这些人都跟着他），老百姓提到秦王都竖大拇指，李建成觉得“再这么下去，太子之位早晚是李世民的”。
于是李建成拉着四弟李元吉，开始给李世民下绊子。先是在李渊面前说李世民的坏话，说“秦王私下里招兵买马，想谋反”；再是给李世民送毒酒，李世民喝了一口就吐了血，差点没死；后来又想调走李世民手下的尉迟恭、秦叔宝，结果尉迟恭根本不搭理他。隐太子建成传》里写“建成、元吉潜谋作乱，将害太宗”，其实就是“兄弟俩想弄死李世民，保住自己的位置”。
李世民一开始还想忍，觉得“都是亲兄弟，没必要闹到你死我活”。可他手下的人急了——房玄龄半夜跑到秦王府，说“太子都要杀你了，你还忍？再忍咱们都得死！”尉迟恭更直接，提着长矛就闯进来：“大王要是再犹豫，我就先走了，不能跟着你一起等死！”李世民看着这些跟着自己出生入死的兄弟，终于下了决心。
公元626年七月初二，李世民跑到李渊面前，哭着说“李建成和李元吉不仅想杀我，还和后宫的嫔妃有染”。李渊听了又惊又怒，说“明天早上你们三个来宫里，我亲自问清楚”。他不知道，这是李世民设下的局。
第二天早上，李世民带着尉迟恭、长孙无忌等九个人，埋伏在玄武门。李建成和李元吉骑着马刚进玄武门，就觉得不对劲——平时站岗的士兵不见了，周围静得能听见鸟叫。李建成刚想掉头跑，李世民从树后跳出来，喊了一声“大哥！”。李建成回头，李世民一箭射过去，正好射中他的胸口，李建成从马上摔下来，当场死了。李元吉吓得掉转马头就跑，李世民追上去，结果马被树枝绊倒，李元吉扑过来想掐死他，幸好尉迟恭及时赶到，一长矛把李元吉挑死了。
这就是历史上着名的“玄武门之变”。太宗本纪》里写得很简略：“九年，皇太子建成、齐王元吉谋害太宗。六月四日，太宗率长孙无忌、尉迟敬德、房玄龄、杜如晦、宇文士及、高士廉、侯君集、程知节、秦叔宝、段志玄、屈突通、张士贵等于玄武门诛之。”可实际上，这一天的血，染红了玄武门的石板，也彻底改变了唐朝的命运。
玄武门之变后，尉迟恭提着李建成和李元吉的脑袋，闯进李渊的宫殿。李渊正在划船，看见尉迟恭浑身是血，手里还提着两颗人头，吓得差点掉进湖里。尉迟恭说“太子和齐王谋反，秦王已经把他们杀了，现在派我来保护陛下”——这话听起来是保护，其实就是“陛下，现在该听秦王的了”。李渊没办法，只能下旨立李世民为太子，没过几个月，就把皇位传给了他。公元626年八月初九，李世民在长安太极宫登基，改元贞观，这一年，他二十八岁。
李世民刚当皇帝的时候，长安城里人心惶惶——有人怕他像隋炀帝一样残暴，有人怕他清算李建成的旧部，还有人觉得“这皇帝是杀兄弟上位的，肯定长久不了”。李世民知道，要想稳住局面，就得拿出点真本事。
他做的第一件事，就是“纳谏”。一般皇帝都爱听好话，李世民偏不，还专门鼓励大臣提意见。魏徵是出了名的“刺头”，不管李世民做什么，只要不对，他就敢当面骂。有一次李世民想修宫殿，魏徵说“现在老百姓还没缓过来，你修宫殿就是劳民伤财”；李世民想娶个美女，魏徵说“这美女已经有丈夫了，你抢别人老婆，不是明君该做的事”；甚至李世民玩鸟的时候，看见魏徵来了，赶紧把鸟藏在怀里，结果鸟被闷死了。
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有人劝李世民“魏徵太狂了，您该治治他”，李世民却笑着说“魏徵就像一面镜子，他骂我，我才能知道自己哪里错了”。《贞观政要》里记载，李世民曾说“以铜为镜，可以正衣冠；以古为镜，可以知兴替；以人为镜，可以明得失。朕常保此三镜，以防己过。今魏徵殂逝，遂亡一镜矣！”——这话不是装出来的，魏徵去世的时候，李世民哭了好几天，还亲自写了碑文。
除了纳谏，李世民还特别重视老百姓。他登基后，马上废除了隋炀帝时期的苛捐杂税，还规定“凡是遇到灾年，官府要开仓放粮”。有一年关中大旱，李世民亲自到田里查看，看见老百姓吃树皮，他当场就哭了，还下令“把宫里的粮食拿出来分给老百姓，自己带头吃粗粮”。太宗本纪》里写“贞观元年，关中饥，米斗直绢一匹。二年，天下蝗，三年，大水。上勤而抚之，民虽东西就食，未尝嗟怨”——意思是“虽然有灾荒，但老百姓没抱怨，因为皇帝真的在帮他们”。