桶把火浇灭，尸体已经面目全非了，仅能看清手指上的红色指甲油假指甲，以及手背上的狼头刺青。
众人只能猜测尸体是至今还没有露面且一直戴手套的雾切——苗木提示了第16个学生战刃骸的事。
众人开始对尸体进行了调查——苗木找到了一把钥匙，打开了资讯室的大门。
咨询室里是学校所有地方的监控屏幕——正当学生们重新燃起希望，认为马上可以找到逃出去的线索时……
黑白熊再次出现了。
【已经过了两年了哦。】——它用开玩笑般的语气说道。
大家被迫回到了黑白熊的游戏当中，继续寻找凶手的线索。
黑白熊给出了新的线索：之所以要严格遵守校规，是因为……
这场自相残杀的校园生活，正在进行全国放送的实况转播当中。
“嘶……”柯南感觉自己全身的鸡皮疙瘩都要起来了。
即使这样也没有被逮捕，这场游戏的幕后黑手看来远比自己想象的更强大……
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ps：原黑白熊插入广告内容：3d大神樱双持狼牙棒无双割草——大神樱的处刑废稿，以及呼吁大家购买游戏的文字内容。在不同地区出售的版本一般是不同的各种广告。
原剧情夜袭的神秘人佩戴的是类似假面骑士的面具。
欧米伽和阿尔法是宝石系列时隔12年的复刻版本——不知道为什么没有复刻绿宝石版；第1、2世代复刻版本仍是平面2d游戏。