时值天气渐暖，若不及时处理，容易引发大疫。
黄得功强令投降的西军俘虏和城内征发的民夫，组成抬尸队。
将尸体运往城外指定地点集中焚烧或深埋。
石灰被紧急调运入城，在营区和尸骸堆积处大量抛洒。
即便如此，腐臭之气依旧弥漫全城，数日不散。
随军的郎中数量有限，对于可能发生的瘟疫，也只能是尽人事，听天命。
伤兵的哀嚎充斥在各个临时征用的医馆和寺庙中。
缺医少药是常态，随军郎中和城中幸存的郎中们忙碌不堪，但面对如此多的伤患，也只能进行最基础的包扎和处理。
许多重伤员在极度痛苦中死去，草草掩埋。
近万名西军俘虏被集中看管在几处空旷场地，如同待宰的羔羊，惶惶不可终日。
如何处置他们，成了摆在黄得功和李定国面前的难题。
全部杀降？
有伤天和，且陛下曾有招抚之意，更会激起川人仇恨。
全部释放？
其中多有悍匪老营，恐其啸聚山林，再成祸患。
最终，经过商议，对俘虏采取了甄别处置：
凡西军中层以上将领，张献忠亲卫，以及经指认犯有严重屠杀平民罪行的老营兵，一经核实，立即公开处决，以儆效尤，平息民愤。