洪武元年正月的最后几日，朱桓就按照朱元璋的要求，每日去他的办公室待命。
跟朱元璋详细说明自己知道的各种知识，协助他拟定大明正式的文武官职系统，也就是大明皇朝的第一代组织构架。
两人讨论之后认为，相比传统的军事将领而言，朱元璋的做事风格本来就更加类似于参谋，以往就是以参谋的方式来实施战略部署的。
经常把一场战役的相关情况，都事无巨细的谋划安排明白，然后让下面将领去拿着自己的安排，按部就班的去指挥作战。
他还能从无到有的训练高水平的军队，对不同类型的士兵需要达到什么能力，都有清淅明确的认知，对不同兵种在战场上要做到什么，也都一清二楚，
所以朱元璋指挥的那些战斗，才给人一种平平无奇的感觉，好象都是士兵冲上去就直接赢了，
实际上是因为他提前做好了全面的安排。
朱元璋自己其实就是“大明总参谋长”。
所以现在建设参谋系统，培养参谋人员的方向，就是让朱元璋自己带徒弟。
在这个过程中，把各种军事细节标准化、明确下来。
但是，一批人只教导军事培训、战斗安排、战略规划的相关能力。
另外选一批将领，只培养他们的军事指挥能力。
朱元璋以往也会言传身教的带徒弟，但是在人选上其实颇为谨慎。
就算是普通技术，也会有教会徒弟坑死师父的事情本，更何况最敏感的军事。
朱元璋以往不会将自己的能力完全传授给其他人。
只有朱文正、李文忠、沐英、朱、朱棣这些亲人，能得到比较多的传授。
其他人基本都只能在讨论的时候学习。
作为这个时代最强的军事家，却完全没有留下一本兵书。
只在一些具体的诏令中留下了一鳞半爪。
现在朱桓的提醒让他把参谋和指挥分开，朱元璋倒是可以稍微放开一点了。
武官的事情讨论了差不多了，朱元璋又咨询文官方面的事情。
朱元璋本来理所当然觉得，现在大明既然正式成立了，那中书省的六部也理所当然的应该创建起来了。
大明创建之前，吴国并没有正式的六部，只有事实上的户、礼、刑、工四部，而且官方称呼是钱谷、礼仪、刑名、营造。
这时候的大明，还没有正式的更部和兵部，
映射吏部的事务是吴王朱元璋直接管理的，兵部事情则全在大都督府。
显然如果设立吏部，而且授予吏部实际职权，就等于皇帝放权给丞相了。
历史上的朱元璋，本来没有觉得这有什么问题，属于历史惯性。
现在跟朱桓交流的多了，有了要废除丞相的想法，已经着手限制丞相权力了。
这时候再去给丞相放权，那就属于自找麻烦了。
朱桓此前建议的财部和税部的问题也类似，若是放在中书省就是给丞相职权，拆出来就是削弱丞相的权力。
最关键的是兵部的安排，大部分人都理所当然觉得，应该让兵部掌管调兵权，大都督府掌管统兵权。
若是直接废除中书省和丞相，皇帝直接管理六部，这样似乎非常合理。
但现在还不能废丞相。
朱元璋不想把调兵权放到丞相掌管的中书省。
若不准备废除丞相，只是准备限制相权，那可以学宋朝搞分权，
但朱元璋又准备最终废除丞相若是不设兵部、吏部，那传统六部有缺，给人一种名不正、言不顺的感觉。
朱元璋跟朱桓讨论许久，最终决定把相应职权拆分开来。
正常设立六部，但是只给部分职权。
兵部有其名而无其实，只负责驿传等边沿事务，吏部只负责府州县官员调派。
另外设立专门的衙门，专管皇帝认为应该自己直接掌管的权力。
两人的讨论，一直秩序到了洪武元年二月初。
朱元璋有了总体的规划后，开始正式开始整顿文武官僚系统。
首先是最重要的军权。
由于天下尚未真正平定，大规模对外战争可能还要持续多年。
为确保事权统一明确，当下暂不拆分大都督府，
但是稍微调整五军都督府的组成。
废大都督职，将左、右都督提升为正一品，各一人。
命朱文正为左都督，胡大海为右都督。
然后将同知都督改为“左、右都督同知”，提升为从一品，各一人。
将金事都督改为“都督金事”，提升为正二品，不定额。
同时在地方普遍设立“都指挥使司”。
都司设正二品都指挥使一人，从二品都指挥同知二人，正三品都指挥金事四人。
各地尚未改制的所有“元帅府”、“军民元帅府”统一改为“卫”。
元帅府元师改称指挥使，副元师改称指挥同知。
然后单独设立大参军府。
下设参军司、军令司、军情司、军需司、军械司、军法司、军选司。
最终成立的这个大参军府，不只是准备用来筹备参谋制度